医師の節税は何ができる？勤務医の税金対策と、税理士に頼む人・自分で申告でよい人

先に結論

• 勤務医の給与には経費の代わりに給与所得控除があり、給与の収入が850万円を超えると控除額は上限の195万円です。
• 節税の中心は所得控除で、iDeCo の掛金は全額が控除になり、2026年12月から会社員・公務員の拠出限度額は月額6.2万円に上がります。
• バイトで2か所以上から給与を受け、年末調整されなかった給与などの合計が20万円を超えると、確定申告が必要です。
• 給与と控除だけの申告なら自分で出せて、開業・法人・不動産が加わると税理士に頼む価値が出てきます。
• 控除で減らせる税金には上限があるため、手元のお金を増やすなら勤務先とバイトの条件も見直します。

医師の税金のしくみ（勤務医の場合）

勤務医が受け取る給与は、給与所得として課税されます。
給与所得は、給与の収入金額から給与所得控除額を引いた金額です。
個人事業のように、使ったお金を経費として1つずつ引く仕組みではありません。

国税庁のタックスアンサー No.1410（令和8年4月1日現在の法令等）では、令和7年分以降の給与所得控除額は次のとおりです。

給与の収入が850万円を超えると、給与がいくら増えても、給与所得控除は195万円から増えません。

所得税の税率は、課税される所得金額に応じて5%から45%の7段階です。
国税庁のタックスアンサー No.2260では、900万円以上1,799万9千円までが33%、1,800万円以上3,999万9千円までが40%です。
所得税とは別に、所得税額の2.1%の復興特別所得税がかかります。
税率が高い人ほど、所得控除を1万円増やしたときに減る税額が大きくなります。

勤務医が使える節税の制度

勤務医の節税は、法律で決まった控除を使うことです。
主な制度を、どこで手続きするかと合わせて並べました。

iDeCo（掛金の全額が所得控除）

iDeCo の掛金は、支払った全額が小規模企業共済等掛金控除の対象です。
国税庁の No.1135 では、年末調整でも控除を受けられるとしています。
その場合は、掛金の証明書を給与所得者の保険料控除申告書に添付します。

拠出限度額は2026年12月に変わります。
厚生労働省の Webマガジン（2026年10月20日）によると、勤務先に企業年金がない会社員・公務員の限度額は月額23,000円から62,000円に上がります。
企業年金がある人は、iDeCo と企業年金等を合わせた共通の限度額が月額62,000円です。
同じ資料は、制度改正後も掛金は全額が所得控除の対象だとしています。

ふるさと納税（確定申告をする人は申告書に書く）

ふるさと納税は、寄附額から2,000円を引いた額が控除の対象になる制度です。
総務省の案内では、住民税所得割額の2割を超える部分は控除されません。
寄附先が5団体以内で、確定申告が不要な給与所得者は、ワンストップ特例で申告を省けます。

医療費控除

医療費控除は、本人と生計を一にする家族の医療費を合わせて計算します。
国税庁の No.1120 では、支払った医療費から保険金などで補てんされた金額を引き、さらに10万円を引いた額が控除額です。
総所得金額等が200万円未満の人は、10万円の代わりに総所得金額等の5%を引きます。
控除額の上限は200万円です。

特定支出控除（学会や研修の費用が多い人）

給与所得者でも、職務に必要な支出が多い年は、特定支出控除を使える場合があります。
国税庁の No.1415 では、通勤費・職務上の旅費・転居費・研修費・資格取得費・帰宅旅費・勤務必要経費（図書費・衣服費・交際費等で合計65万円まで）の7種類が対象です。
特定支出の合計が給与所得控除額の2分の1を超えた部分を、給与所得控除後の金額から差し引けます。

バイトのある医師の確定申告

当直やスポットのバイトで2か所以上から給与を受ける医師は、確定申告が必要になることがあります。
国税庁のタックスアンサー No.1900では、年末調整されなかった給与の収入金額と、給与と退職所得以外の所得の合計が20万円を超える人は申告が必要です。
給与の収入金額が2,000万円を超える人も、年末調整の対象から外れるため申告が必要です。

給与として受け取ったバイト代は、給与所得として常勤先の給与と合算します。
個人事業の会計ソフトで帳簿をつける申告とは違い、源泉徴収票の金額を写して出す形です。
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で作れます。
20万円の数え方や準備するものは、医師のバイトの確定申告に詳しく載せています。

自分で申告でよい人・税理士に頼む人

税理士に頼むかどうかは、申告の中身の複雑さで決まります。
給与と控除だけなら、自分で出せる範囲です。

開業すると、診療の収入は事業所得になり、帳簿をつけて自分で申告します。
開業の損得や手続きは、開業医はやめとけと言われる理由と開業医は儲かるのかに載せています。
不動産投資を検討している医師は、医師の不動産投資も合わせて読んでください。

試算：iDeCo の掛金で所得税はいくら減るか

税率の高い勤務医ほど、所得控除の効き目は大きくなります。
次の条件で、所得税と復興特別所得税がいくら減るかを計算しました。

前提は次のとおりです。

• 課税される所得金額が900万円以上1,799万9千円までの範囲にあり、掛金を引いた後も同じ範囲にとどまる人（所得税率33%）。
• 勤務先に企業年金がなく、iDeCo の掛金を1年間、毎月同じ額で払った場合。
• 住民税の変化は含めていません。
• 税率は国税庁 No.2260、限度額は厚生労働省 Webマガジン（2026年10月20日）によります。

実際の税額は、ほかの所得や控除で変わります。
課税される所得金額は1,000円未満を切り捨てて計算するため、ここでの数字は目安です。
減った税金は、iDeCo に積み立てたお金として60歳まで原則として引き出せない点も、合わせて見てください。

税理士の相談先

税理士に頼むと決めたら、紹介の窓口を使うと条件に合う税理士を探しやすくなります。
税金の相談は、次のような窓口を使います。

相談したいこと	サービス
確定申告や節税を相談できる税理士を探す	税理士ドットコム（コーディネーターによる税理士紹介。紹介は無料）
別の紹介窓口でも税理士を比べる	税理士紹介エージェント（税理士の紹介）
開業後の経理と税務をまとめて任せる	ゼロ税理士法人（経理と税務の代行）
法人を作ったあとの税理士を探す	ベンチャーライフ（法人向けの税理士紹介）

税理士ドットコムは、弁護士ドットコム株式会社が運営する税理士の紹介サービスです。
公式サイトでは、コーディネーターが無料で税理士を紹介し、紹介を何度断ってもよいとしています。
登録税理士は7,665名です（2026年11月12日の公式サイトの表示）。
決算・確定申告だけの依頼や、相続税の相談も窓口に挙げています。

税金より先に、収入の条件を見直す

所得控除で減らせる税金には、制度ごとに上限があります。
手元に残るお金を増やすなら、勤務先の年収やバイトの単価も合わせて見直します。

常勤先を変えて年収を上げたいなら、年収で求人を絞り込める会社を年収で求人を絞り込める転職サイトで比べられます。
外勤を足すなら、曜日や日付でバイトを探せる会社を医師の副業の探し方と医師のスポットバイトに並べています。
バイトを増やすと、確定申告が必要になる条件にも近づきます。
収入を増やす前に、申告の準備まで見込んでおくと慌てずに済みます。