医療法人と個人開業医の違いは?個人事業主として始める手続き、開業資金と自己資金・融資の調べ方

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働き方公開 2026/11/15更新 2026/11/15

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医療法人と個人開業医の違いは、診療所の開設者が医師個人か、都道府県知事の認可を受けた法人かです。
医療法人は理事長が原則医師で、剰余金の配当が禁じられています。

開業5年以内の医師の85.8%に借入金がありました(日本医師会 2009年)。
資金計画は、個人と法人の両方を開業支援の担当者や税理士と試算し、相談先を持つ転職サービスも使いましょう。

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医療法人と個人開業医の違いは、診療所を開設しているのが医師個人か、都道府県知事の認可を受けた法人かです。
個人開業医は個人事業主として届け出て始められますが、医療法人は設立の認可が要り、剰余金の配当が禁じられるなど医療法の決まりに従います。

2024年10月時点で、一般診療所105,207施設のうち、医療法人が開設するのは47,711施設(45.3%)、個人は38,719施設(36.8%)です(厚生労働省「令和6年医療施設(動態)調査」)。

先に結論

  • 個人開業医は、医師個人が診療所の開設者です。
    税務署への開業届など、個人事業主としての手続きで始めます。
  • 医療法人は、都道府県知事の認可を受けて設立します(医療法 第44条)。
    理事長は原則として医師です。
  • 医療法人は 剰余金の配当ができません(医療法 第54条)。
  • 一般診療所の開設者は、医療法人が45.3%、個人が36.8%です。
    前の年より医療法人は994施設増え、個人は489施設減りました。
  • 開業資金の大半を借入でまかなう人が多く、日本医師会の調査では開業5年以内の 85.8%に借入金 がありました。

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常勤
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常勤の公開求人数

常勤

  1. マイナビDOCTOR23,257件
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「記載なし」は公式サイトにその働き方の件数が出ていない社です。

個人開業医と医療法人の違い

個人開業医とは、医師個人が開設者となって診療所を開いている医師のことです。
医療法人は、病院や、医師が常時勤務する診療所を開設する社団または財団が、医療法の規定で法人になったものです(医療法 第39条)。

比べる点 個人開業医 医療法人
診療所の開設者 医師個人 法人
始め方 開設の届け出(臨床研修を終えた医師の場合) 都道府県知事の設立認可を受けてから開設(第44条)
代表 開設者本人 理事長。原則として医師(第46条の6)
利益の分け方 事業の所得として本人に入る 剰余金の配当は禁止(第54条)
税金 所得税(個人事業の所得) 法人税。理事長は法人から報酬を受け取る
健康保険・厚生年金 常時5人以上の従業員がいる事業所は適用 法人の事業所は人数にかかわらず適用

メモ

健康保険と厚生年金の適用は、日本年金機構の「適用事業所と被保険者」にある決まりです。
法人の事業所は事業主だけでも適用され、個人の事業所は常時5人以上の従業員がいれば適用されます。

個人開業医は個人事業主(自営業)か

個人で診療所を開く医師は、個人事業主として扱われます。
勤務医のときの給与と違い、診療所の収入から経費を引いたものが事業の所得になり、自分で確定申告をします。

税務署には、個人事業の開業届を出します。
提出時期は、事業を始めた年分の確定申告書の提出期限までです(国税庁 A1-5 個人事業の開業届出・廃業届出等手続)。
医療法の開設の届け出(開設後10日以内)や、保険医療機関の指定の申請とは別の手続きです。
手続きの順番は開業医になるにはにまとめています。

医療法人にするときの決まり

医療法人は、主たる事務所の所在地の都道府県知事の認可を受けなければ設立できません(医療法 第44条)。
理事長は、原則として理事のうち医師または歯科医師から選びます。
都道府県知事の認可を受けた場合は、医師でない理事から選ぶこともできます(第46条の6)。

2007年4月1日以降に設立を申請する医療法人は、財団か、持分の定めのない社団に限られます(厚生労働省「医療法人制度について」、平成19年3月30日)。
それより前からある持分のある医療法人は、経過措置として残っています。

医療法人の数(2026年3月31日現在) 法人数
総数 59,893
社団 59,514
うち持分あり 35,104
うち持分なし 24,410
財団 379

ポイント

数字は厚生労働省「種類別医療法人数の年次推移」です。
医療法人にするかどうかの損得は、収入や家族の状況で変わります。
開業前の段階では、開業支援の担当者や税理士に、個人で始める場合と医療法人にする場合の両方を試算してもらうのが確実です。

開業資金の調達(自己資金・融資)

開業資金は、自己資金と借入の組み合わせで用意します。
借入先の一つに、国の金融機関である日本政策金融公庫があります。

日本政策金融公庫「新規開業・スタートアップ支援資金」 内容
対象 新たに事業を始める方、または事業開始後おおむね7年以内の方
融資限度額 7,200万円
返済期間(設備資金) 20年以内(うち据置期間5年以内)
返済期間(運転資金) 10年以内(うち据置期間5年以内)

条件は日本政策金融公庫の制度のページで確かめてください。
融資には、事業計画が適正で、遂行する力が十分あると認められることが条件として付いています。
自己資金をいくら用意するかは、借入の審査と毎月の返済の重さの両方にかかわります。
補助金や助成金は、地域ごとに制度が違います。
開業予定地の都道府県や市区町村の案内で確かめてください。

資金の相談先と、勤務医のうちにできること

開業の資金計画は、開業支援の担当者や税理士に相談しながら作れます。
転職サービスの中にも、開業や税理士の相談先を持つ会社があります。

社 公式サイトに書いてあること
MRT 会員限定コンテンツに「開業支援サービス」と「税理士紹介サービス 医業の税務・会計に詳しい税理士を無料でご紹介します」がある
DtoDコンシェルジュ 開業前の相談から開業後まで支援すると書き、医療モール開業・継承開業・新規開業の3つを並べている
民間医局 「開業・運営・承継支援」を会員限定のサービスとして掲げている
マイナビDOCTOR 「開業医支援サポート」で事業計画の策定まで支援すると書いている。相談は無料、依頼するときはコンサルティング料が別に要る

開業の時期が先なら、勤務を続けながら自己資金を貯め、院長の仕事を経験しておく道もあります。
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よくある質問

医療法人と個人開業医の違いは何ですか?

診療所の開設者が医師個人か、都道府県知事の認可を受けた法人かの違いです。 医療法人は理事長が原則医師で、剰余金の配当が禁じられています。

開業医は個人事業主ですか?

個人で診療所を開く医師は個人事業主です。 税務署に個人事業の開業届を出し、事業の所得として確定申告をします。

医療法人はいくつありますか?

2026年3月31日現在で59,893法人です。 社団のうち持分ありが35,104、持分なしが24,410です。

開業医の借金はどれくらいの人にありますか?

日本医師会の2009年の調査では、新規開業から5年以内の医師の85.8%に借入金がありました。 借入金のある医療法人の90.9%は、院長が個人で債務を保証していました。

開業資金の融資はどこで受けられますか?

国の金融機関である日本政策金融公庫の「新規開業・スタートアップ支援資金」は、融資限度額が7,200万円です。 民間の金融機関も含めて、事業計画をもとに相談します。

一般診療所は医療法人と個人のどちらが多いですか?

医療法人です。
2024年10月時点で一般診療所105,207施設のうち、医療法人が47,711施設(45.3%)、個人が38,719施設(36.8%)でした。

医療法人の理事長は医師でなければいけませんか?

原則として医師または歯科医師の理事から選びます。
都道府県知事の認可を受けた場合は、医師でない理事から選ぶこともできます(医療法 第46条の6)。

今から持分のある医療法人を作れますか?

作れません。
2007年4月1日以降に設立を申請する医療法人は、財団か、持分の定めのない社団に限られます。

個人開業医の開業届はいつまでに出しますか?

事業を始めた年分の確定申告書の提出期限までに、税務署に出します。
医療法の開設の届け出(開設後10日以内)とは別の手続きです。

個人の診療所でも厚生年金に入りますか?

常時5人以上の従業員がいる個人の事業所は、健康保険と厚生年金の適用事業所になります。
法人の事業所は人数にかかわらず適用です。

まとめ

  • 個人開業医は医師個人が開設者で、個人事業主として始めます。
  • 医療法人は都道府県知事の認可で設立し、理事長は原則医師、剰余金の配当は禁止です。
  • 一般診療所の開設者は医療法人45.3%、個人36.8%です。
  • 開業5年以内の医師の85.8%に借入金がありました(2009年の調査)。
  • 資金計画は、開業支援の担当者や税理士と、個人と法人の両方で試算します。

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